Высшим органом управления Институтом является Совет директоров. К его компетенции относится решение наиболее важных вопросов деятельности Института, например: изменение устава, определение приоритетных направлений деятельности и стратегии развития Института; внесение изменений в состав Наблюдательного совета Института, принятие решений о реорганизации и ликвидации Института, делегирование представителей Института для участия в деятельности других организаций.

Надзор и контроль за деятельностью Института осуществляет Наблюдательный совет, в который могут входить представители российских, международных и иностранных государственных учреждений, организаций и предприятий, неправительственных организаций и учреждений, предприятий и фирм; физические лица, разделяющие уставные цели Института.

Выполнение решений Совета директоров и Наблюдательного совета, координацию всей работы Института и поддержку его хозяйственной деятельности осуществляет Исполнительная  дирекция.